Otto verhängte die
Acht über den Königsmörder und verlobte sich mit
Beatrix, der Tochter Philipps von Schwaben. Otto wurde jetzt allgemein als König anerkannt und ließ sich am 11. November 1208 auf einem
Hoftag in
Frankfurt am Main erneut zum König wählen. Als Beatrix’ Verlobter nahm er auf dem
Königsumritt im Winter 1208/09 das staufische Königsgut in Besitz. Am 22. März 1209 erneuerte er im Vertrag zu
Speyer gegenüber dem Papst den Neußer Eid von 1201.
Hierbei waren jedoch keine fürstlichen Zeugen anwesend, weshalb er am 4. Oktober 1209 nicht ohne Bedenken von Papst Innozenz III. zum Kaiser gekrönt wurde. Bis zu diesem Zeitpunkt stellt die Chronik des
Otto von St. Blasien eine wichtige Quelle für die Regierungszeit Ottos dar. Otto zog mit seinen Truppen nordwärts, als ihn in
Pisa ein Hilferuf der aufständischen Barone
Apuliens erreichte, die Ottos Unterstützung gegen König Friedrich suchten. Der seit 1208 volljährige König hatte gerade in Sizilien einen Adelsaufstand niedergeschlagen. Otto brach die Neußer Eide, suchte die Reichsgewalt in Italien wiederherzustellen und seinen staufischen Rivalen Friedrich aus dessen Königreich zu verdrängen. Er zog im Herbst 1210 von Norditalien aus mit seinen Truppen nach Süden, besetzte weite Teile des
Kirchenstaats und erreichte nach der Eroberung Unteritaliens im Herbst 1211 den Süden
Kalabriens, wo er die pisanische Flotte zur Überfahrt nach Sizilien erwartete. Papst Innozenz III. verhängte am 18. November 1210 den
Kirchenbann über Otto IV. und erneuerte den Bann am 31. März 1211. Das Schreiben des Papstes an die deutschen Bischöfe enthielt die Worte:
Das Schwert, das wir selbst geschmiedet, schlägt uns schwere Wunden.